A Escola da Ponte não segue um sistema baseado em seriação ou ciclos e seus professores não são responsáveis por uma disciplina ou por uma turma específica. 

  As crianças e os adolescentes definem quais são suas áreas de interesse e desenvolvem projetos de pesquisa, tanto em grupo como individuais.

  A Escola da Ponte é embasada na autonomia dos alunos e professores, na qual se aprende a liberdade responsável e a solidariedade. Estes são os grandes valores cultivados dentro da Ponte.

  Cada aluno recebe ao longo do ano apostilas com roteiros de pesquisa.

  Cada roteiro tem cerca de 18 objetivos, ou seja, perguntas ou tarefas que devem ser respondidas ou desenvolvidas pelo estudante.

  Os roteiros e seus objetivos são desenvolvidos a partir dos livros didáticos recebidos pelo estudante, e as perguntas que o estudante deve responder exigem que eles pesquisem em vários livros ao mesmo tempo (de português, de ciências, de geografia, de história…).

  Os roteiros levam em conta todo o conteúdo recomendado pelo MEC que as crianças deverão aprender durante o seu ano letivo. Eles são feitos a partir dos livros distribuídos pela rede pública, mas não têm divisão por matérias – e sim por temas. Assim, um mesmo roteiro pode exigir que a criança busque respostas no livro de português, geografia e história, por exemplo.

  Os alunos sentam-se em mesas de quatro lugares para realizarem as suas pesquisas em grupo e responderem, individualmente, seus objetivos (dos roteiros).

  Não há aulas expositivas (a não ser as aulas de matemática, inglês e de oficina de texto). Os professores – cerca de cinco ou seis – circulam pelo salão para ajudar os alunos em suas dúvidas e explicar alguns conceitos se isso se fizer necessários.

  Cada aluno tem um tutor, que é um professor responsável por um grupo de alunos.

  Quando o aluno sente que já sabe o conteúdo, solicita ao professor uma avaliação. O professor conversa com o aluno e, se sentir que ainda é preciso aprender mais, orienta o aluno a procurar mais informações.

  Nesse caso, incentiva-se o aluno a buscar informações nos livros, internet e com os colegas.

   Em vários locais há uma lista onde, em uma coluna, se inscreve quem pode ajudar, e na outra quem precisa de ajuda.

  O modelo de educação da Escola da Ponte  é baseado em três grandes valores: a liberdade, a responsabilidade e a solidariedade.

  As crianças e os jovens criam as regras de convivência que serão seguidas inclusive por educadores e familiares.

  Os alunos da Ponte são educados para serem cidadãos, exercitando a cidadania. São chamados a praticar a democracia dentro da própria escola, como cidadãos autônomos.

  Na prática da democracia, organizam assembléias para resolverem problemas de disciplina entre eles.

  O aluno que desrespeitar as regras, predeterminadas por eles mesmos, é convidado, perante todos, a refletir e pronunciar-se sobre seu comportamento dentro da escola.